Проблема конвертации видео - это в первую очередь проблема хорошей программы, которая поддерживает нужные вам форматы и кодеки. Я уже рекомендовал на Началке бесплатный видео-конвертор SUPER© а также рекомендую подборку лучших Portable видео-конверторов (их можно запускать прямо с флешки). 

Далее надо понять - для чего и какого качества вам нужно видео: если выложить в Интернет (чтобы можно было смотреть сразу, не загружая весь файл) - то чаще используется формат .FLV, если для вставки в презентацию PowerPoint - то форматы .WMV (лучше!) или .AVI.

Самое сложное - это настройка параметров качества конвертации. Аудио настройки обычно не нужно трогать вообще - настройки по-умолчанию должны подойти. А вот в видео-настройках нужно обращать внимание на 2 очень важных параметра:

• Frame Rate (частота кадров в секунду, "плавность" воспроизведения кадров) - должна быть 29-30 кадров в секунду, чтобы изображение не "дергалось" при просмотре.
   
• Bit Rate (качество изображения в кадре) - это самая важная величина при определении качества конвертирования, но изменение этого параметра сильно сказывается на итоговом размере файла. Этот параметр надо определять экспериментально (!), но не рекомендуюу делать его меньше 800-900 kbits/s.

Конвертация видео - это всегда компромисс между качеством и размером получаемого видео-файла. Также, надо понимать, что качество не может улучшится при конвертировании, в лучшем случает оно останется таким же. В некоторых программах есть кнопки типа "как и в оригинальном файле" - они позволят сохранить качество оригинала (его частоту кадров, качество картинки). Также, если вам не нужен весь файл, то вы в момент конвертирования можете настроить обрезку и конвертировать не весь файл, а только нужную его часть. Обычно обрезка настраивается дополнительными кнопками под окном просмотра оригинала.

Надеюсь, моя краткая заметка поможет начинающим конвертаторам. Успехов!